Sauerstoff befindet sich in der Natur in einem steten Kreislauf. Er wird ständig von autotrophen Lebewesen wie Cyanobakterien (veraltet: Blaualgen), Algen und Pflanzen bei der oxygenen Photosynthese durch Photolyse aus Wasser freigesetzt. Er ist ein Endprodukt dieser biochemischen Reaktion und wird an die Umwelt abgegeben.
Cyanobakterien waren wahrscheinlich die ersten Organismen, die molekularen Sauerstoff als Abfallprodukt ihres Stoffwechsels in der Atmosphäre anreicherten. Zuvor existierte eine anaerobe Atmosphäre auf der Erde. Die meisten heterotrophen Organismen - darunter alle tierischen Eukaryoten einschliesslich des Menschen und vieler Bakterien - benötigen eben diesen Sauerstoff zur Energiegewinnung. Er wird dabei im Rahmen der Atmungskette wieder zu Wasser umgewandelt. Bei Eukaryoten findet diese Reaktion in den Mitochondrien statt. Viele chemolithotrophe Bakterien nutzen ebenfalls Sauerstoff zur Energiegewinnung.
Da Sauerstoff und einige seiner Verbindungen sehr reaktiv sind und Zellstrukturen zerstören können, besitzen Organismen Schutzenzyme wie Katalase und Peroxidase. Für Organismen, denen diese Enzyme fehlen, wirkt Sauerstoff toxisch. Beim Abbau des Sauerstoffs entstehen reaktive Sauerstoffspezies wie freie Radikale, die ebenfalls biologische Moleküle zerstören können. Werden sie nicht schnell genug abgefangen, entsteht ein sogenannter "oxidativer Stress", der für Alterungsprozesse verantwortlich gemacht wird.
In den Phagozyten (Fresszellen) des Immunsystems dienen die reaktiven Sauerstoffspezies (Wasserstoffperoxid und Hyperoxidionen) neben anderen Enzymen dazu, aufgenommene Krankheitserreger zu zerstören.